Biologie Galaxy Server
Moin Moin, der Biologie Galaxy Server ist Online!
Galaxy ist eine webbasierte Open-Source-Anwendung aus dem Bereich der Bioinformatik für rechenintensive biomedizinische Forschung. Neben den öffentlich verfügbaren und von Jedem benutzbaren Servern zum Beispiel in Freiburg und Texas, hat der Fachbereich Biologie für Lehre und Forschung einen eigenen Server, der allen Biologinnen und Biologen zu Verfügung steht.
Der Biologie Galaxy Server wird von Prof. Dr. Tobias Lenz, Dr. Andrej Fabrizius, Dr. Britta Meyer und Jörn Adomeit (Kontakt in die Informatik) verwaltet.
Wie kriege ich Zugang?
Einfach eine E-Mail schreiben mit dem Betreff "Galaxy-Zugangsdaten".
Warum Galaxy?
Es ist bestens geeignet, um u.a. große Datensätze aus Hochdurchsatzsequenzierungen zu analysieren. Die Anwendung ist (anders als Kommandozeile-basierte Programme) benutzerfreundlich und der Einstieg dadurch einfach für neue Nutzer. Gängige Programme sind durch sog. Wrappers installiert und die Plattform ermöglicht eine nahtlose Integration verschiedener Versionen.
Fragestellungen
Welche Gene werden hoch- oder runterreguliert wenn Sauerstoffmangel herrscht?
- > RNAseq mit Bowtie und DESeq2
Welche Mikroorganismen leben in der Tiefsee?
-> Metagenomics mit Mothur
Wie unterscheiden sich Käfer von verschiedenen Standorten genetisch voneinander?
-> ddRAD – Analysis mit Stacks und Structure
Welche Metaboliten befinden sich im Pflanzenphloem?
-> LC-MS – CAMERA Wirkstoff-Analyse
Galaxy tools
- Viele gängige Tools sind bereits installiert. Wenn Sie als Nutzer etwas ausprobieren möchten, das nicht zur Verfügung steht, schicken sie uns eine E-Mail( galaxy.biologie"AT"uni-hamburg.de) und wir versuchen das Tool zu installieren.
- Verfügbare Tools finden Sie hier: Galaxy Tool Shed
Datenspeicherung
Dieser Galaxy Server ist keine Langzeitspeicherungsoption: bitte immer die Rohdaten nach dem Verarbeiten löschen und woanders speichern (zum Beispiel auf der "European Nucleotide Archive").
Rechenkapazität
Die Rechenkapazität der Anwendung wird im April und Mai für Lehrveranstaltungen reserviert. Alle anderen Nutzer müssen gegebenenfalls mit langsameren Analysen rechnen.
Für Genom/Transkriptom-Assemblierungen empfehlen wir den Hummel HPC zu nutzen. Es wird daran gearbeitet, Galaxy mit diesem zu verknüpfen um die Rechenkapazität zu nutzen.