Fachbereich Biologie
Marie-Skłodowska-Curie-FörderungHochdurchsatzmethoden zur Sequenzierung von DNA aus historischen Museumsexemplaren
8. November 2019, von Website Team Biologie
Die Sammlungen naturgeschichtlicher Museen beherbergen umfangreiches Material zur Untersuchung der globalen Artenvielfalt und der Evolution biologischer Arten, insbesondere bei artenreichen Gruppen aus den Tropischen Regionen. Diesen Studien erfordern molekulargenetische Methoden, die bisher nur auf frisch gesammelte Gewebeproben anwendbar waren. Moderne Methoden der Hochdurchsatzsequenzierung (High-Throughput Sequencing, HTS) zielen meist auf kurze DNA-Fragmentlängen ab. Sie generieren daher effizienter als die traditionelle Sanger-Sequenzierung Sequenzdaten aus historischen Belegexemplaren, insbesondere bei einem Alter dieser Proben von mehr als 100 Jahren. Dr. Umilaela Arifin (Postdoctorandin am CeNak – Centrum für Naturkunde, Hamburg, Deutschland) erhielt eine dreijährige Marie-Skłodowska-Curie-Förderung (01.03.2020–28.02.2023; H2020-MSCA-IF-2018) zur Entwicklung und zum Test von HTS-Protokollen (exome-capture und / oder Mitogenomsequenzierung) zur Sequenzierung degradierter genomischer DNA aus historischen Museumsexemplaren Südostasiatischer Frösche. Sie wird mit diesen Methoden die phylogenetische (stammesgeschichtliche) und taxonomische (artliche) Position asiatischer Frösche mit sogenannten gastromyzophoren Kaulquappen untersuchen. Diese Gruppe von Fröschen, deren Larven eine Haftscheibe am Bauch besitzen und die so an das Leben in schnell fließenden Gewässern angepasst sind, hat sich seit Jahrzehnten der taxonomischen Klärung wiedersetzt. Die Ergebnisse ihrer Arbeit sollen helfen, die Machbarkeit der HTS-Methoden zur Sequenzierung von DNA aus historischen Belegstücken abzuschätzen und diese Methoden für zukünftige Studien weiterzuentwickeln. Diese Studie wird als erste tiefergehend die Evolution von Gastromyzophorie bei Asiatischen Fröschen untersuchen. Weiterhin soll sie die Wichtigkeit moderner Techniken zur Quantifizierung der hohen Biodiversität tropischer Länder und zur Entwicklung von Schutzmaßnahmen von Organismengruppen mit vielen kryptischen Arten unterstreichen. Im Rahmen einer internationalen Kooperation wird die Arbeit von Dr. Umilaela Arifin durch Prof. Dr. Alexander Haas (CeNak – Centrum für Naturkunde, Hamburg, Deutschland) sowie Prof. Dr. Jimmy McGuire (Department of Integrative Biology, University of California Berkeley, USA) betreut.
More information about:
Dr. Umilaela Arifin:
https://www.cenak.uni-hamburg.de/uebercenak/mitarbeiter/arifin.html
https://www.youtube.com/watch?v=U1A_-jkURRM
https://ssarherps.org/2019/07/thisisssar-gastromyzophorous-tadpoles-and-umilaela-arifin/
Funded Project (H2020-MSCA-IF-2018, HighThroughFROGS):
