Der Wunsch nach einem Botanischen Museum in Hamburg, das nach dem Beispiel des Kew Gardens in London "in grossartigstem Maassstabe" mit dem Botanischen Garten verbunden ist, geht auf Prof. Johann Georg Christian Lehmann, den Gründer des Botanischen Gartens Hamburg zurück. Bereits 1856 geäußert, wurde dieser Wunsch in der Geschichte des Botanischen Museums nur für 5 Jahre (1907 – 1912) Wirklichkeit, als Museum und Garten sowohl institutionell als auch räumlich am Standort Bei den Kirchhöfen (heute: Marseiller Straße) vereinigt waren.

Nach der Teilung der Botanischen Staatsinstitute 1912 waren das Botanische Museum dem Institut für Angewandte Botanik und der Botanische Garten dem Institut für Allgemeine Botanik zugeordnet. 1979 mit der Verlegung des Botanischen Gartens nach Klein Flottbek wurden beide auch wieder räumlich getrennt.

Die Zeiten der Trennung finden mit dem Loki Schmidt Haus ein Ende.

Die Chronik des Museums ist in drei Abschnitte untergliedert:

• Museum als Keimzelle
• Hamburg, Hafen, Handel
• Neues Haus