Die Botanische Sammlung ist – sowohl von der Zielsetzung als auch vom Umfang und der Historie – einzigartig und wertvoll. Sie beinhaltet vom Menschen genutzte Pflanzen, deren Rohprodukte und Aufbereitungsstufen ebenso wie deren Vielfalt im Hinblick auf Qualitätsparameter und Nutzungsoptionen. Es waren zwei Schenkungen, die den Grundstock der Sammlung bildeten:

• die Algensammlung des damaligen Hamburger Bürgermeisters Dr. Binder (1870)
• und die "Carpologische Sammlung" des Stadtphysikus Dr. Bueck (1879).

Letztere umfasste Früchte und Samen von ca. 10.000 Pflanzenarten aus aller Welt und 2700 Pflanzengattungen. Zum Schwerpunkt wurden in der Folgezeit Nutzpflanzen aus Übersee. Bestehendes wurde ergänzt, oft dank Schenkungen von Einzelpersonen oder Firmen, und weitere Sammlungen wurden eingegliedert. In den seit 1883 erschienenen jährlichen Berichten des Botanischen Museums ¹ wurden die Neuerwerbungen sorgfältig verzeichnet.

Heute umfasst die Botanische Sammlung ca. 50.000 Objekte. Dazu gehören

• die Karpologische Sammlung - Collectio Fructuum Hamburgense - (Sammlungen Bueck, Beyle) als wissenschaftliche Vergleichs- und Belegsammlung für Forschungszwecke und Gutachtertätigkeiten (ca. 30.000 Objekte)
• die Schausammlung des Museums, incl. Lehrsammlung für Unterrichtszwecke
• Arzneipflanzensammlungen
• Pilzsammlung
• Holzsammlung
• Belegsammlungen, die in Labornähe untergebracht als Arbeitsgrundlage in Forschungsgruppen des Biozentrums Klein Flottbek genutzt werden.

¹ Jahrbuch der wissenschaftlichen Anstalten zu Hamburg 1983 (Hamburg 1984) ff