Die Systematische Abteilung, das so genannte System, befindet sich auf einer Fläche von etwa 3,5 ha im Zentrum des Gartens. Ungeachtet ihrer geographischen und ökologischen Herkunft sind die Pflanzen hier ausschließlich nach dem Gesichtspunkt ihrer natürlichen Verwandtschaft in insgesamt 90 Einzelbeeten gruppiert.

Als Vorlage für die Hamburger Systemanlage diente ein von dem armenischen Systematiker Armen TAKHTAJAN publiziertes Modell aus dem Jahre 1959. In diesem Modell gliedert TAKHTAJAN die Bedecktsamigen Blütenpflanzen in insgesamt 10 Unterklassen, die ihrerseits in 90 Ordnungen unterteilt werden. Miteinander verwandte, also durch gemeinsame Vorfahren verbundene Ordnungen werden in seinem Modell, ebenso wie im 'Hamburger System' durch Linien bzw. Plattenwege verbunden. Die Verbindung zwischen den Magnolienartigen (Ordnung Magnoliales) und den Hahnenfußartigen (Ordnung Ranunculales) bedeutet also nicht, daß letztere aus den ersteren entstanden sind, sondern das beide Ordnungen gemeinsame stammesgeschichtliche Wurzeln besitzen.

Nach der Kombination ihrer Merkmale werden die Blütenpflanzen in ursprüngliche und mehr oder weniger stark abgeleitete Ordnungen unterschieden. Diese abgestufte 'Fortschrittlichkeit' wird in der Systemanlage durch ein leichtes Ansteigen des Reliefs von den ursprünglichen Magnoliales (= Magnolienartige) im Südbereich bis zu den abgeleiteten Asterales (= Asternartige) im Nordbereich des Systems dargestellt. Der Umfang der verschiedenen Pflanzenordnungen wird durch unterschiedliche Beetgrößen symbolisiert. Natürlich gibt das Systemmodell im Botanischen Garten nur einen historischen, heute in vielen Bereichen nicht mehr aktuellen Kenntnisstand wider. Insbesondere durch die Ergebnisse der modernen Molekularsystematik mußten viele frühere Vorstellungen über die Evolution und Stammesgeschichte der Blütenpflanzen revidiert und neu interpretiert werden. In den nächsten Jahren ist daher ein schrittweiser Umbau des 'Systems' vorgesehen, der den neuen Erkenntnissen Rechnung tragen soll.

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