Schwerpunkte der eigenen wissenschaftlichen Arbeiten liegen in der Populations- und Vegetationsökologie und insbesondere bei Arten bzw. Lebensgemeinschaften der Feuchtgebiete. Im Rahmen von DFG und BMBF finanzierten Forschungsprojekten wurden und werden Untersuchungen in Flusstal-Niedermooren (z.B. Vogt et al. 200x, Rasran et al. 2007), am Mittellauf der Elbe (Vogt et al. 2006) sowie im Elbe-Ästuar (Engels & Jensen 2009, 2010; Engels et al. 2011) durchgeführt. Im Rahmen des vom BMBF geförderten Vorhabens KLIMZUG-Nord stehen derzeit vor allem mögliche Auswirkungen des Klimawandels auf Biodiversität und Ökosystemfunktionen von Feuchtgebieten im norddeutschen Raum im Zentrum der Untersuchungen. In Kooperation mit dem Vorhaben KLIWAS werden Analysen zur Populationsbiologie invasiver Pflanzenarten durchgeführt. Von besonderem Interesse ist in der AG Angewandte Pflanzenökologie die Aufbereitung der wissenschaftlichen Erkenntnisse für die Anwendung (z.B. Jensen et al. 2006, Jensen 2007).